Добрый день. В принципе, при клещевом энцефалите могут быть суставные боли, но скорее не как проявление основной патологии, а как реакция на повышенную температуру. Конечно, для лайм- бореллиоза суставные боли более характерны. Клещевой энцефалит может быть серонегативным (когда, несмотря на отрицательные пробы диагноз все- таки остается). Других причин для повышения температуры и болей в суставах множество, исключить их помогут дополнительные методы обследования, необходима очная консультация терапевта. И, главное- если Вы житель Екатеринбурга или Свердловской области, Вам проще будет обратиться в 33 или областную больницы соответственно, там есть специализированные центры.